​Năm 2016, năm đầu tiên của giai đoạn 2016- 2020, tình hình kinh tế gặp nhiều khó khăn như giá dầu thô trên thế giới giảm sút, tình hình biến đổi khí hậu, ô nhiễm môi trường, hạn hán, xâm ngập mặn ảnh hưởng nghiêm trọng tới đời sống và sản xuất của người dân. Hoạt động xuất khẩu gặp khó khăn về đơn giá giảm, đơn hàng và thị trường biến động, nhất là ngành hàng dệt may và mặt hàng nông sản (thị trường xuất khẩu chủ yếu của các mặt hàng dệt may là Hoa Kỳ, EU, Nhật Bản... ngoài việc chậm lại còn chịu sự cạnh tranh mạnh từ các nước khác như Campuchia, Myanmar, Mexico, Trung Quốc, Ấn Độ, Bangladesh, Indonesia). Những tháng đầu năm 2017, trên địa bàn tỉnh diễn ra tình trạng giá cả một số mặt hàng nông sản như chuối, thịt heo giảm mạnh, điều này đã gây ra thiệt hại cho bà con nông dân và các hộ chăn nuôi trên địa bàn tỉnh và kéo theo ngành sản xuất chế biến thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và chế biến kinh doanh thực phẩm giảm.

Dự báo ban đầu đến năm 2020 sẽ có từ 25- 30% hộ kinh doanh chuyển sang mô hình doanh nghiệp (tương đương 250 DN) cộng với thu hút đầu tư vào các cụm công nghiệp được hỗ trợ theo Chương trình phát triển cụm công nghiệp sẽ góp phần tăng GTSX ở nhóm doanh nghiệp CNNT lên 70.400 tỷ đồng, tăng trưởng bình quân là 14,1%. Theo đó tăng trưởng bình quân GTSXCNNT giai đoạn 2016-2020 là 11,11%, kim ngạch xuất khẩu CNNT đến năm 2020 đạt trên 900 triệu USD, tăng trưởng bình quân đạt 9,7%/năm.

Tuy nhiên, thòi gian qua các cụm công nghiệp tuy đã được quy hoạch nhưng vẫn chưa triển khai mặc dù Tỉnh đã ban hành chính sách hỗ trợ 200 tỷ đồng để đẩy mạnh đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng 10 cụm công nghiệp trên địa bàn tỉnh theo mục tiêu chuyển dịch cơ cấu ngành công nghiệp đến năm 2020. Bên cạnh đó, kết cấu hạ tầng khu vực nông thôn còn nhiều yếu kém chưa tạo điều kiện cho công nghiệp phát triển mạnh mẽ.

Khả năng tích lũy để đầu tư, mua sắm máy móc, trang thiết bị sản xuất của cơ sở công nghiệp nông thôn gặp nhiều khó khăn; công tác tổ chức chỉ đạo thực hiện đề án, nhiệm vụ khuyến công ở các địa phương còn chưa hiệu quả; triển khai thực hiện các chính sách còn hạn chế. Các cơ sở công nghiệp nông thôn tham gia vào chương trình khuyến công còn ít, nhu cầu khuyến công chỉ phát sịnh tập trung ở một số nội dung, chưa có những đề án có sức lan toả lớn để tạo được động lực thúc đẩy tăng trưởng công nghiệp nông thôn.

Quyết định số 841/QĐ-UBND ngày 22/3/2016 của UBND tỉnh về phê duyệt chương trình khuyến công trên địa bàn tỉnh Đồng Nai giai đoạn 2016 – 2020 ban hành trước Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XII và Nghị quyết 142/2016/QH13 của Quốc hội về Kế hoạch phát triển kinh tế xã hội 5 năm giai đoạn 2016-2020 với mục tiêu tăng trưởng kinh tế bình quân 5 năm đạt 6,5%-6,7%/năm. Sở Công Thương xác định quan điểm chiến lược nhất quán của là không tăng trưởng bằng mọi giá, nhưng cũng không lãng phí cơ hội và tiềm năng.

Với 9.306 cơ sở công nghiệp nông thôn (CSCNNT), trong đó hộ kinh doanh cá thể chiếm 90,1% tổng số CSCNNT. Tập trung chủ yếu ở loại hình doanh nghiệp nhỏ và vừa (chiếm 72,6%).Quy mô vốn của các cơ sở sản xuất công nghiệp nông thôn ở mức nhỏ và vừa. Mặc dù Nhà nước đã có khá nhiều cơ chế, chính sách nhằm hỗ trợ doanh nghiệp trong việc vay vốn, song thực tế các cơ sở vẫn rất khó tiếp cận với nguồn vốn của tổ chức tín dụng. Vì thế, vốn sử dụng cho hoạt động sản xuất kinh doanh, vốn đầu tư chủ yếu từ các nguồn vốn tự có của các cơ sở nên mức đầu tư còn thấp. 

Với xu thế hội nhập và toàn cầu hóa, sự cạnh tranh ngày càng gay gắt, các cơ sở sản xuất công nghiệp nông thôn muốn tồn tại và phát triển thì phải không ngừng đầu tư. Trong giai đoạn 2016 - 2017, quy mô của nhiều cơ sở sản xuất công nghiệp nông thôn không ngừng được mở rộng cả chiều rộng lẫn chiều sâu. Tuy nhiên, mức đầu tư ở khu vực công nghiệp nông thôn vẫn còn thấp so với bình quân chung của toàn ngành công nghiệp. Vốn đầu tư của khu vực công nghiệp nông thôn chỉ mới đạt 6.674 tỷ đồng, bình quân 717 triệu đồng/cơ sở.